Po zmianie ustawy o ochronie i kształtowaniu środowiska na podstawie art. 36 pkt 18 ustawy z dnia 24 lipca 1998 r. o zmianie niektórych ustaw określających kompetencje organów administracji publicznej - w związku z reformą ustrojową państwa (Dz. U. z 1998 r. Nr 106, poz. 668), z dniem 1 stycznia 1999 r. omawiany przepis uzyskał odmienne brzmienie: w sprawach wykupu lub zamiany nieruchomości, o której mowa w ust. 1, właściwy jest organ określony w przepisach o gospodarce nieruchomościami. Cenę wykupu ustala się i wypłaca według zasad określonych w przepisach o gospodarce nieruchomościami. Koszty nabycia lub zamiany nieruchomości ponosi jednostka organizacyjna nabywająca lub zamieniająca nieruchomość.
Dokonana zmiana nie pozostawia wątpliwości odnośnie do kwestii wymagania wstępnej decyzji starosty. Usunięcie tego zdania nie może być inaczej interpretowane niż rezygnacja z etapu pośredniego (decyzji administracyjnej) przed wystąpieniem uprawnionego właściciela na drogę sądową o wydanie orzeczenia zastępującego oświadczenie woli, składające się na umowę sprzedaży lub zamiany nieruchomości. Przeciwny wniosek przeczyłby regułom wykładni logicznej i domniemaniu racjonalności ustawodawcy. Powyższe stwierdzenie nie usuwa dalszych wątpliwości związanych z pozostawieniem w mocy pierwszego zdania art. 84 ust. 2 określającego właściwość organu administracji rządowej w sprawach wykupu lub zamiany przez odesłanie do przepisów o wywłaszczeniu nieruchomości. Co do tego kontrowersyjnego zagadnienia wypowiadał się Sąd Najwyższy w uchwale z 31 maja 2000 r., sygn. III ZP 8/00, OSNP 2000/22/802, stwierdzając, że do rozpoznania sprawy o wykup lub zamianę nieruchomości na podstawie art. 84 ustawy z dnia 31 stycznia 1980 r. o ochronie i kształtowaniu środowiska (tekst jedn.: Dz. U. z 1994 r. Nr 49, poz. 196 ze zm.) powołane są sądy powszechne (art. 2 § 1 k.p.c.). Uzasadnienie uchwały wskazuje, że rola organu administracji publicznej (starosty) według nowego brzmienia przepisu ogranicza się do czynności niewładczych: materialnotechnicznych. Wskazana uchwała, jak też wyrok składu siedmiu sędziów Sądu Najwyższego z dnia 16 stycznia 2002 r. w sprawie III ZP 34/00, OSNP 2003/5/110 oraz powołane w ich uzasadnieniach uchwały i wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego potwierdzają właściwość drogi sądowej, niekwestionowaną w rozpoznawanej sprawie, nie rozstrzygają natomiast legitymacji biernej w sprawie o wykup lub zamianę. Wykładnia językowa nie prowadzi do utożsamiania organu właściwego (art. 84 ust. 2 zdanie 1) z podmiotem legitymowanym biernie w procesie, poza tym sformułowanie przepisu (zdanie 1) jest zbyt ogólne, aby przez ten podstawowy sposób wykładni ustalać najpierw organ określony w przepisach o gospodarce nieruchomościami, a następnie podmiot mający zdolność prawną i sądową wg przepisów prawa i postępowania cywilnego. W takiej sytuacji należy sięgać do pozostałych reguł, nie wykluczając wykładni systemowej i funkcjonalnej.
Przyjmując za punkt wyjścia cywilnoprawny charakter roszczeń właściciela wynikających z art. 84 ust. 1 i dopuszczalność drogi sądowej, należy wskazać na integralność ochrony własności i prawa do sądu potwierdzonych w Konstytucji (art. 21 ust. 1 oraz art. 45 ust. 1) obejmującej zarówno postępowanie rozpoznawcze jak i wykonawcze. Rzeczywista ochrona polega bowiem na uzyskaniu orzeczenia w rozsądnym terminie oraz na jego wykonaniu. Nie można zatem akceptować zapatrywania dzielącego postępowanie sądowe na fazę rozpoznawczą z udziałem jednego podmiotu (Skarbu Państwa reprezentowanego przez starostę (prezydenta miasta) oraz wykonawczą z udziałem innego podmiotu (gminy nabywającej nieruchomość) odpowiedzialnej za "koszty". Zasady postępowania egzekucyjnego nie dopuszczają też wydania wyroku zobowiązującego gminę do złożenia oświadczenia woli w procesie z udziałem Skarbu Państwa, skoro przepis dotyczący kosztów nabycia lub zamiany odnosi się do podmiotu nabywającego nieruchomość. Konstytucyjna zasada ochrony samodzielności oraz praw majątkowych jednostek samorządu terytorialnego (art. 165) wyklucza wykładnię dopuszczającą obciążanie gminy kosztami nieruchomości nabywanej przez Skarb Państwa. Przytoczone wyżej okoliczności nakazują dokonywać wykładni art. 84 ust. 2 zdanie 1 z uwzględnieniem art. 4 pkt 9 ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami różnicującego organy "właściwe" wg kryterium własności nieruchomości przysługującej w razie zamiany lub nabywanej w razie wykupu. Podjęcie przez Gminę uchwały wprowadzającej ograniczenia własności uzasadnia obciążenia ją obowiązkiem ponoszenia konsekwencji tego aktu prawa miejscowego. Odmienne stanowisko prowadzące do odpowiedzialności Skarbu Państwa za nabycie lub zamianę wymagałoby normy ustawowej. Prowadzi to do wniosku, że powód prawidłowo wskazał jako pozwaną Gminę Miasta Gdańska reprezentowaną przez swój organ wykonawczy, tj. Prezydenta Miasta.
Przyjmując za punkt wyjścia cywilnoprawny charakter roszczeń właściciela wynikających z art. 84 ust. 1 i dopuszczalność drogi sądowej, należy wskazać na integralność ochrony własności i prawa do sądu potwierdzonych w Konstytucji (art. 21 ust. 1 oraz art. 45 ust. 1) obejmującej zarówno postępowanie rozpoznawcze jak i wykonawcze. Rzeczywista ochrona polega bowiem na uzyskaniu orzeczenia w rozsądnym terminie oraz na jego wykonaniu. Nie można zatem akceptować zapatrywania dzielącego postępowanie sądowe na fazę rozpoznawczą z udziałem jednego podmiotu (Skarbu Państwa reprezentowanego przez starostę (prezydenta miasta) oraz wykonawczą z udziałem innego podmiotu (gminy nabywającej nieruchomość) odpowiedzialnej za "koszty". Zasady postępowania egzekucyjnego nie dopuszczają też wydania wyroku zobowiązującego gminę do złożenia oświadczenia woli w procesie z udziałem Skarbu Państwa, skoro przepis dotyczący kosztów nabycia lub zamiany odnosi się do podmiotu nabywającego nieruchomość. Konstytucyjna zasada ochrony samodzielności oraz praw majątkowych jednostek samorządu terytorialnego (art. 165) wyklucza wykładnię dopuszczającą obciążanie gminy kosztami nieruchomości nabywanej przez Skarb Państwa. Przytoczone wyżej okoliczności nakazują dokonywać wykładni art. 84 ust. 2 zdanie 1 z uwzględnieniem art. 4 pkt 9 ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami różnicującego organy "właściwe" wg kryterium własności nieruchomości przysługującej w razie zamiany lub nabywanej w razie wykupu. Podjęcie przez Gminę uchwały wprowadzającej ograniczenia własności uzasadnia obciążenia ją obowiązkiem ponoszenia konsekwencji tego aktu prawa miejscowego. Odmienne stanowisko prowadzące do odpowiedzialności Skarbu Państwa za nabycie lub zamianę wymagałoby normy ustawowej. Prowadzi to do wniosku, że powód prawidłowo wskazał jako pozwaną Gminę Miasta Gdańska reprezentowaną przez swój organ wykonawczy, tj. Prezydenta Miasta.